Koleksi Khas merupakan koleksi penting dan tinggi nilainya. Ia menjadi tulang belakang kepada koleksi penyelidikan perpustakaan. Koleksi tertutup ini mengumpulkan buku-buku nadir, manuskrip, bahan habis cetak, penerbitan klasik, buku-buku berharga mahal dan koleksi peribadi. Himpunan ini merangkumi koleksi Prof. J. Schacht, Koleksi Harun Aminurrashid, Koleksi Sastra Peranakan Cina Indonesia dan beberapa koleksi ahli akademik UKM. Koleksi tertutup ini boleh dirujuk semasa waktu pejabat di Koleksi Khas aras 6.